Il mancato smaltimento delle acque reflue, provenienti da processi industriali o domestici che contengono sostanze chimiche organiche, comporta danni agli uomini e anche all’ambiente. Alcuni di loro possono mostrare effetti di interferenza endocrina (EDC). Per questo motivo gli Stati membri dell’unione hanno stabilito dei programmi di monitoraggio per una serie di inquinanti, come i metalli pesanti o i composti organici xenobiotici. Attraverso le tecnologie di fotocatalisi e ossidazione ad ultrasuoni sono stati applicati processi di ossidazione avanzata (AOP) per rimuovere dall'acqua e dalle acque reflue gli interferenti endocrini (EDC),producendo così effluenti più sicuri per il riutilizzo.\cite{Belgiorno_2007}
Le modalità più importanti di utilizzo dell’acqua nell’industria lattiero-casearia consistono nei sistemi di pulizia e di raffreddamento, sistemi tecnologici, generatori di vapore e sistemi di protezione antincendio. In relazione ai requisiti tecnici di utilizzo e alla qualità dell’acqua, questa deve essere adattata alle diverse esigenze, come per esempio la rimozione del colore o l’uso di radiazioni UV per disinfettare l’acqua.
A causa degli agenti patogeni e delle sostanze chimiche presenti nell’acqua e nei prodotti alimentari, il rischio per la salute è elevato sia nei paesi sviluppati che in via di sviluppo. Anche le sostanze tossiche e quelle con proprietà cancerogene possono provocare danni sia all’uomo che all’animale. Tali sostanze sono soggette ad un rigoroso controllo e vengono eliminate dall’acqua destinata al consumo. Ciò è stato reso possibile attraverso gli standard sanitari sulla qualità dell’acqua, dettata della Direttiva del Parlamento e del consiglio dell’Unione Europea, dove vengono specificate le proprietà chimiche, fisiche e biologiche standard che devono essere soddisfatte dall’acqua che viene fornita e utilizzata nella produzione (Regolamento UE 1998). La direttiva punta l’attenzione sia sui parametri di concentrazione ammissibile di sostanze nocive per il corpo umano, sia sui parametri come il colore, la torbidità, il numero totale di batteri, il carbonio organico totale, il sapore e l’odore. L’obiettivo è quello di determinare l’efficacia e la qualità del processo di trattamento delle acque.
Per tutti questi motivi è importante prevenire la contaminazione da antibiotici nella filiera del latte e per prevenire reazioni allergiche nell’uomo: a tale scopo è possibile utilizzare un dispositivo per l'elettroforesi capillare a microchip, volto a rilevare la presenza di ciprofloxacina. Questo strumento, in studi recenti, ha dimostrato di essere in grado di riconoscere tra campioni di latte senza e con ciprofloxacina ,con una correlazione lineare tra le varie concentrazioni di ciprofloxacina \cite{Bosma_2020} .
L’industria lattiero-casearia è caratterizzata anche da un consumo d’acqua per lo scambio termico, utile per migliorare l’efficienza delle fonti di acqua.